政府和市場的關系問題一直是經濟學界爭論的焦點。傳統的微觀經濟學假定企業在業務發展上以利潤最大化為目標，在一定的生產成本和銷售價格的基礎上確定最優產出，其決策變量中忽視了生態環境等因素，忽視了環境污染帶來的負外部性，因此，企業追求經濟效益的利潤最大化目標與社會福利最大化目標之間存在偏離。而綠色金融將環境因素納入到投融資決策中，在決策前充分評估業務的環境風險，利用專業的風險管控技術來管理包括環境風險在內的各類金融風險，從而將具有外部性的環境污染因素內部化。綠色金融提供的綠色產品和服務具有顯著的正外部性，是典型的準公共品。也正是由于綠色金融需要綜合考慮經濟效益和社會效益，所以面臨著市場機制無法解決的私人部門和公共部門之間利益難以統一的問題。
從追求經濟利益最大化的企業角度來看，綠色產業投資對于企業通常存在非傳統性和風險未知性，相比傳統產業的利潤低而風險大，因而僅依靠市場機制自發調整促使企業進入綠色產業往往會動力不足，必須加大政府部門的介入和引導才能打破弱勢的利益平衡點。
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在世界經濟發展史上，政府與市場之間何為主導的把握會因時因地而有所差異，對于綠色金融的健康發展，有必要厘清政府與市場之間的關系邊界。發達國家與發展中國家綠色金融的發展途徑存在顯著不同，前者更多的是依靠市場機制及微觀經濟主體的主動性。例如，保險基金、養老基金、投資銀行等機構投資者發揮投票權作用，對高能耗高污染的企業不予投資，從外部促使企業進行產業升級改造或節能減排等。而許多發展中國家由于市場機制不夠健全，往往需要政府動用行政力量來推動綠色金融發展。中國綠色金融發展仍然處于起步階段，在市場機制不完善的情形下，有必要采取政府力量加以干預，同時要注意平衡市場與政府之間的關系。因為過度依賴行政體制推動實際上是有缺陷的，這樣會降低市場效率和扭曲市場價格機制，所以將來要在激勵和引導市場微觀經濟主體的主觀能動性上下功夫。為
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